In anul 1634, dupa un lung sir de domnii nefericite si de evenimente dramatice, pe tronul Moldovei a ajuns marele vornic Vasile Lupu, boier intelept si luminat, iubitor de frumos si mai ales iubitor de credinta. Anii domniei sale (1634 - 1653) vor insemna prima mare epoca de cultura a Moldovei. In spiritul traditiei marilor voievozi musatini de odinioara, Vasile Lupu si-a inaugurat domnia prin zidirea unei biserici, care avea sa fie fara pereche: "Sfintii Trei Ierarhi" sau "Trisfetitele" de la Iasi.
Deasupra usii la intrarea din partea sudica a bisercii se afla pisania ctitorului Vasile Lupu: "Cu voia Tatalui si cu ajutorul Fiului si cu savarsirea Sfantului Suh, iata eu, robul stapanului Domnului Dumnezeu si Mantuitorului nostru Iisus Hristos si inchinator al Treimei, Io, Vasile Voievod, cu mila lui Dumnezeu Domnul Tarii Moldovei, si cu Doamna noastra Tudosca si cu daruitii de Dumnezeu copii Ioan Voievod si Maria si Rucsandra, am zididt aceasta sfanta ruga in numele Sfintilor Trei Ierarhi Vasile cel Mare, Grigore Teologul si Ioan Gura de Aur. Si s-a sfintit cu mana Arhiepiscopului Varlaam la 7147, mai 6."
Jefuita si arsa de navalitori din est (1650) si din nord (1686), zguduita de cutremure (1711, 1781, 1795, 1802), biserica va astepta ridicarea din umilinta pana dupa Razboiul de Independenta (1877). Lucrarile de restaurare se vor efectua in anii 1882 - 1887 (arhitectura) si pana spre 1898 (pictura si reamenajarea interiorului), resfintirea locasului facandu-se in 1904, sub domnia regelui Carol I. Cladirea in care se afla Sala Gotica a fost inaltata de Vasile Lupu, fiind restaurata de mai multe ori, ultima data in 1960. Sarbatoare a artelor, biserica Trisfetitelor se inscrie in istorie ca o autentica vatra de cultura si spiritualitate. Dupa ce in 1641 Iasul primea cu evlavie moastele Sf. Cuv. Paraschiva, in 1642 aici se desfasura Sinodul care a adoptat celebra Marturisire de credinta ortodoxa a mitropolitului Petru Movila, iar in 1645 in biserica Sf. Trei Ierarhi era uns patriarhul Ierusalimului.
Majoritatea elementelor ambiantei interioare, lucrate intre 1889-1890 la Viena si Paris, au fost donate de regele Carol I si regina Elisabeta. Scaunele domnesti si arhieresti, pupitrele etc. din bronz aurit cu insertii de email si fildes inlocuiesc piesele de altadata sculptate in esente de lemn exotic la Istanbul. Tot din bronz aurit sunt si candelabrele actuale, infrumusetate cu oua de strut si care inlocuiesc pe cele precedente, din argint, disparute inainte de restaurare.
Colegiul lui Vasile Lupu (1640), temelia viitoarei Academii domnesti si tiparnita instalata aici, in care se imprima la 1643 "Cartea romaneasca de invatatura", sunt dimensiuni care adauga Trei Ierarhilor pe langa numele de "Manastire a Patriarhilor" si pe acela de "Manastire a dascalilor", denumire confirmata si de istoria invatamantului romanesc din veacul al XVIII-lea. Implinind vocatia universala a Bisericii dreptmaritoare, acest focar de spiritualitate romaneasca va fi si punctul de plecare a luptei de eliberare a Greciei, in 1821.
Din curtea Manastirii Trei Ierarhi s-a dat semnalul de eliberare a Greciei, prin vocea lui Alexandru Ipsilanti care a prezentat o Proclamatie (28 februarie 1821) in care afirma obiectivele Eteriei, in lupta de eliberare a popoarelor din Balcani.
Din luna iulie 1994, biserica s-a redeschis ca manastire avand viata de obste si slujbe zilnice.