Chiar de la începuturile ei, Mănăstirea „Sfinții Trei Ierarhi” a devenit un centru de cultură al Moldovei.
Mitropolitul Varlaam, unul dintre cei mai distinși cărturari români din prima jumătate a sec. al XVII-lea, dorea să se înființeze în Moldova o școală cu trei-patru sute de elevi, precum și o tipografie în care să se tipărească lucrări în limba română. Domnitorul Vasile Lupu a acceptat ca tipografia, înființată în anul 1640, să fie instalată în incinta mănăstirii, care devenise și Catedrală mitropolitană.
În afară de gramata patriarhului Partenie al Constantinopolului, publicată în decembrie 1642, prin care se aprobau lucrările Sinodului de la Iași, în tipografia de la „Trei Ierarhi” nu s-au tipărit decât lucrări în limba română. Prima dintre acestea este Cartea românească de învățătură (1643), cunoscută mai ales sub denumirea de Cazania Mitropolitului Varlaam. Ea a fost bogat ilustrată de gravorul Ilia, binecunoscut în arta tipografică, cu scene specifice din viața Moldovei. În același timp, trebuie reamintit că această lucrare a avut un rol deosebit în formarea limbii literare române. Cazania (care avea peste 1000 de pagini) a cunoscut o largă răspândire și o deosebită înțelegere și prețuire din partea cititorilor și ascultătorilor români.
Un rol însemnat pentru istoriografia în limba națioală
Totodată, aici, pentru prima oară, s-a acordat atenție și istoriografiei în limba națională, ceea ce explică dezvoltarea deosebită luată în Moldova de lucrările istorice în a doua jumătate a veacului al XVII-lea.
Alte lucrări tipărite la „Trei Ierarhi” au fost: Cele șapte taine ale Bisericii (1643 - tradusă de logofătul Eustratie și prefațată de Mitropolitul Varlaam; pe lângă normele de ritual, ea cuprinde condamnări aspre ale diferitelor superstiții); Cartea care secheamă răspunsul împotriva catihismusului calvinesc (1645), Acatistul Născătoarei de Dumnezeu (1645), Cuvinte de jele la robia Ierusalimului (1645). Ultima carte care a ieșit din această tipografie a fost așa-zisa Pravilă a lui Vasile Lupu, prima legiuire laică scrisă și tipărită în limba română, al cărei titlu este următorul: Cartea românească de învățătură de la pravilele împărătești și de la alte giudețe cu zisa și cu toată cheltuiala lui Vasile voievodul și domnul țării Moldovei (1646). Această pravilă a circulat și s-a aplicat în toate ținuturile locuite de români.
Pravila lui Vasile Lupu, ultima lucrare tipărită la „Trei Ierarhi”
Nu se știe de ce după tipărirea Pravilei s-a încheiat activitatea tipografiei de la „Trei Ierarhi”. Nu este exclus ca și tipografia să fi căzut pradă incendiului din 1650, provocat de tătari. Evenimentele de după anul 1653 care au dus la detronarea lui Vasile Lupu, precum și la creșterea influenței grecești (mănăstirea fusese închinată la Muntele Athos încă din anul 1646), tipografia, dacă a fost distrusă de incendiul mai sus amintit, n-a mai fost refăcută. Aceasta a fost una dintre cele mai grele lovituri pe care le-a resimțit Mitropolitul Varlaam, care vedea cu ochii cum i se destrăma o instituție prin care reușise să dea la lumină cele mai frumoase din lucrările sale în care fixase, într-o formă nemaiîntâlnită până la el, limba vorbită de popor.
Mitropolitul Varlaam a urmărit să facă din limba română instrumentul principal de răspândire a culturii în masele populare, care nu cunoșteau limba oficială – slavona – folosită în administrație și în biserică. Alți istorici consemnează că tipografia ar fi fost desființată de călugării greci, în timpul când Vasile Lupu era în conflict cu Matei Basarab.
Şcoala și evoluția învățământului la Mănăstirea „Sfinții Trei Ierarhi”
Înainte de a se înființa școlile, locul de cultură pentru popor a fost reprezentat de biserică și mănăstiri. Domnitorul Vasile Lupu, sfătuit de același Varlaam, a înfințat o școală superioară. Vasile Lupu a zidit-o după planul Colegiului movilean de la Kiev, adus de arhimandritul Sofronie Pociațki, care a fost profesor, rector și egumen al mănăstirii, iar arhitectul Enache Ctisi a dus la îndeplinire acest plan.
În Actul de întemeiere al Colegiului Vasile Lupu de la Mănăstirea „Sfinții Trei Ierarhi”, domnitorul preciza: „am văzut și am cunoscut lipsa în țara noastră a înțelepciunii din cărțile sfinte (...) E nevoie de această școală pentru ca dreptslăvitoarea credință să se întărească, bunele obiceiuri în această țară să se sădească, și Creștinătatea să se apere și înțelepciunea cărților sfinte să se coboare puțin de la unii la alții. (...) Văzând unele lucruri nepotrivite, noi am gândit că țara noastră rămâne săracă și înapoiată față de alte țări în învățătură și înțelepciune, pentru că nu am avut nici un om învățat în stare să răspundă întrebărilor necredincioșilor.”
„Pentru o asemenea învățătură am zidit această sfântă rugă”
Domnitorul mai precizează în acest act un aspect foarte important: „Pentru un asemenea lucru plăcut lui Dumnezeu, ca să le fie pentru învățătura celor mici și a celor mari, a noastră mai sus scrisă mănăstire le-am dat-o lor, cu tot venitul și cu toate ocinile (proprietățile), ca să le fie lor pentru hrană și pentru îmbrăcăminte, iar cine va merge către învățătură, să învețe, dar să nu aibă a plăti cu bani, cât vor fi dascăli din mănăstirea Pecerska din Kiev în mănăstirea noastră, deoarece pentru o asemenea îngrijire și învățătură a oamenilor ortodocși am început și am zidit sfânta rugă și mănăstire în târgul Iașilor, în numele Sfinților Trei Ierarhi și Lumii Învățători: Vasilie cel Mare, Grigorie Teologul, Ioan Gură de Aur.”
Răzvan Theodorescu preciza faptul că ostenelile lui Vasile Lupu Voievod veneau de fapt să întregească alte osteneli ale unor cărturari din aceste părți de lume pentru progresul și luminarea unei civilizații ce a sporit nespus de mult zestrea acelui viitor ce avea să se numească cultura română modernă; o civilizație cu propensiuni stăruitoare spre universalitate, în același timp și cu discernământ îndreptat către tradițiile țării, către Renașterea târzie și barocul apusean.
Catehismul, aritmetica și poezia, discipline de studiu la școala „Trei Ierarhilor”
Fiindcă în incinta mănăstirii nu încăpea școala nou înființată, deși a început să funcționeze aici, Vasile Lupu a construit în anul 1641 un local deosebit pe ulița ciobotărească. Școala a funcționat aproape 15 ani, cu cei mai buni profesori din lumea ortodoxă a timpului. Aici s-au predat: limbile slavonă, greacă, latină, cântări bisericești pe note, catehismul, aritmetica, retorica, poezia, , filosofia, teologia, istoria și geografia (mai târziu). Dintre elevii acesteia se presupune că ar fi fost marii cărturari Nicolae Milescu și Mitropolitul Dosoftei.
Pentru întreținerea școlii, Vasile Lupu a dăruit satele Răchiteni, Tămășeni și Iugani din ținutul Roman, precum și veniturile feredeului (local public unde se făceau băi ) din Iași. După desființarea școlii, satele amintite și feredeul au revenit mănăstirii.
Cauzele desființării Școlii Vasiliene
Diaconul Nicolae Popescu-Făurel mai notează: „După moartea arhimandritului Sofronie, Vasile Lupu a închinat Mănăstirea „Sfinții Trei Ierarhi” comunității de la Muntele Athos, spre o mai mare siguranță și trăinicie a bisericii și școlii. După închinare, comunitatea trimite egumen, însoțit și de alți călugări străini, care însă n-au putut trăi în bună înțelegere cu călugării dascăli de la „Trei Ierarhi”. Mai târziu, în 1656, fiind siguri că Vasile Lupu nu mai poate veni la scaunul Moldovei, iar Mitropolitul Varlaam era retras la Mănăstirea Secu, călugării greci fac o jalbă domnitorului Gheorghe Ștefan în care arată că n-au cu ce trăi și cer indirect desființarea școlii și destinarea moșiilor ei în folosul lor. Gheorghe Ștefan împreună cu Sfatul Țării confirmă desființarea Școlii Vasiliene, iar venitul ei să-l ia călugării greci. Acest aspect avea să fie descoperit mai tîrziu și de Gheorghe Asachi, trimis ca agent la Viena în 1822, în câteva documente originale din care se constata acest fapt: călugării greci din Mănăstirea „Trei Ierarhi” și-au apropriat timp de un secol și jumătate venitul celor trei moșii dăruite de Vasile Lupu școlii înființate de el aici.
Redeschiderea școlii de către Gh. Asachi și mitropolitul Veniamin Costachi, două secole mai târziu
Această tradiție în domeniul învățământului a fost reluată abia în sec. al XIX-lea. Gheorghe Asachi și mitropolitul Veniamin Costachi, văzând decăderea învățământului în limba română din Moldova, au cerut domnitorului de atunci Ioniță Sandu Sturza să deschidă o școală la „Trei Ierarhi”, ceea ce s-a și întâmplat în 1824. La 4 aprilie 1828, același domn a hotărât să se pună la dispoziția școlii un număr de clădiri din incinta mănăstirii, cu toată opoziția energică a călugărilor greci. Reparațiile clădirilor s-au făcut totuși pe cheltuiala mănăstirii.
Cursurilor școlii elementare de doi ani li s-au adăugat o clasă lancasteriană (sistem de a preda materiile de studiu cu ajutorul elevilor mai avansați) și mai apoi un gimnaziu de patru ani, precum și ateliere de lucru manual. Școlii i s-a destinat și Sala Gotică, reparată după incendiul din 1827.
Odată cu inaugurarea Academiei Mihăilene (16 iunie 1835), la „Trei Ierarhi” a rămas numai școala elementară și un internat pentru elevii gimnaziului.
După cum notează diaconul Nicolae Popescu – Făurel în lucrarea sa, „în anul 1838, la Școala de la „Trei Ierarhi” se preda:
„- în clasa începătoare: cetirea, scrierea, numerarea și sfintele rugăciuni;
- în clasa I: catehismul și soboarele, aritmetica cu cele patru operații și numere complexe, geografia preliminară, scrierea de dictando, etimologia românească cu analiza și cetirea latină;
- în clasa a II-a: catehismul tot, cu istoria biblică, aritmetica cu patru specii principale, numerele complexe, fracțiile, regula de trei, practica, geografia (Africa, America, Australia), sintaxul românesc cu analiza și compunerea zicerilor, declamație și tălmăciri din abecedar, caligrafia, ingineria civilă, zugrăvitura etc.”
Promovarea în învățământ a limbii românești în locul celei grecești
Din 1839 vor fi aplicate reguli mai stricte la admitere (de ex: primirea în internat se va face în urma unui concurs și numai a copiilor săraci.)
Prin regulamentul școlar de la 1 ianuarie 1851 s-a prevăzut ca pentru pregătirea învățătorilor să se înființeze la „Trei Ierarhi” o Școală Preparandală din absolvenții căreia vor fi recrutați profesori pentru școlile sătești ce începuseră să se înființeze.Astfel, școala elementară a devenit prima școală de aplicație din țara noastră.
Școală Preparandală de la „Trei Ierarhi” și-a legat numele de personalități marcante ale culturii românești. Astfel, aici au funcționat ca profesori B. P. Hașdeu, V. A. Urechia și T. Burada. În 1863 a fost numit director Titu Maiorescu, iar la 8 ianuarie 1864 , Ion Creangă a fost admis elev, trecându-și examenul de absolvire la 10 iunie 1865. Din comisia de examinare pe semestrul I al anului școlar 1874-1875 de la această școală care acum se chema Școala Normală „Vasile Lupu”a făcut parte și Mihai Eminescu, în calitate de revizor școlar.
Organizarea școlii de la „Trei Ierarhi” a însemnat promovarea în învățământ a limbii românești în locul celei grecești, susținută de elementele retrograde ale marii boierimi moldovene.
Aceste școli au funcționat până în anul 1891, când au fost dărâmate construcțiile din interiorul mănăstirii.